Diagnòstic molecular del càncer

L'àrea disposa de tecnologia d'alt rendiment amb maquinària d'última generació per oferir un diagnòstic d'alta precisió incloent les darreres novetats i alternatives descobertes en diferents patologies.

Sistema Cobes 4800

Sistema automatitzat de preparació de mostres per a l'anàlisi mitjançant PCR a temps real (RT-PCR) que permet realitzar diferents assaigs per a la detecció i caracterització de virus i oncogens.

Test VPH (genotipat del virus del papil·loma humà en mostres citològiques)

Test EGFR

Test BRAF

Equipament:

• Coves x 480 Instrument
• Light Cycler 480 II

 

 

Plataforma FISH

Sones d'ADN-FISH, específiques de locus i de pintat cromosòmic. La tecnologia FISH utilitza sondes, una seqüència d'ADN complementària a l'ADN diana, marcades amb un fluorocrom per detectar anomalies gèniques o cromosòmiques. Sondes de pintat cromosòmic, sondes dual-color i tri-color.

Flux manual i automàtic.

Els diferents dissenys de sondes FISH ens permeten detectar:

• Nombre de còpies, tant còpies del cromosoma (sondes centremèriques) com la presència de delecions i amplificacions d'una regió específica.
• Translocacions

Equipament:

• Sistema de digitalització CoolCube1 (Metasystems)
• Plataforma d'escaneig Metafer (MetaCyte)
• Plataforma d'imatge Isis (MetaSystem)
• ThermoBrite (Abbott Molecular)
• XMatrx® ELITE (BioGenex)

 

 

Plataforma IdyllaTM

Test de diagnòstic per a la detecció qualitativa de les mutacions mitjançant RT-PCR. Flux de treball completament automatitzat, des de l'extracció de l'ADN fins a l'anàlisi de dades i la generació d'informes, que s'obté el mateix dia.

Test BRAF Test KRAS Test MSI Test NRAS-BRAF

Equipament:

• 4 equips IdyllaTM Instrument
• 1 IdyllaTM Console

 

 

Plataforma Immunohistoquímica

Es disposa d'equips que automatitzen tots els passos del procés de tinció d'immunohistoquímica (IHQ) i hibridació in situ (HIS).

Proves validades per la FDA per assegurar la confiança en el diagnòstic.

Test EBER HIS Test HER2 IHQ/HIS Test MSI IHQ: MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 Test PD-L1 IHQ Test P16 IHQ Test P53 IHQ Test PFAG IHQ Test TERT IHQ

Equipament:

• Autostainer Link 48 (Agilent)
• FRONTA Benchmark GX (Roche Diagnostics)
• 5 FINESTRA Benchmark ULTRA (Roche Diagnostics)
• FINESTRA Benchmark XT (Roche Diagnostics)
• BondMax (Leica)
• MD Stainer (Vitro diagnostics)

 

 

Plataforma INNOLiPA®

Assaig de sonda de línia, basat en el principi d'hibridació inversa, dissenyat per a la identificació de 32 genotips diferents del virus del papil·loma humà (VPH).

Equipament:

• Auto-LIPATM 48 (Fujirebi)

 

 

Plataforma Veracyte™

Sistema de quantificació digital dàcids nucleics completament automatitzat. El sistema utilitza "codis de barres" moleculars i imatges d'una sola molècula per detectar i comptar centenars de transcrits únics en una reacció. El sistema d'anàlisi nCounter és un sistema integrat compost per una estació de preparació totalment automatitzada, un analitzador digital, el CodeSet (codis de barres moleculars) i tots els reactius i consumibles necessaris per fer l'anàlisi.

Test PROSIGNA, és una prova de diagnòstic in vitro basada en l'estudi de la signatura genètica PAM50. Aquesta prova genòmica analitza l'activitat dels 50 gens que constitueixen la signatura PAM50 a cèl·lules de càncer de mama mitjançant una quantificació digital de l'ARN. La caracterització del perfil d'expressió gènica de les cèl·lules tumorals en combinació amb variables clíniques proporciona informació sobre el risc de recurrència de la malaltia i sobre el subtipus biològic intrínsec de cada tumor.

Detecció de reordenaments i mutacions en pacients amb càncer de pulmó mitjançant un panell personalitzat que permet detectar gens de fusió com ALK, ROS1, RET i NTRK1, així com mutacions de MET a l'exó 14. 

Equipament:

• nCounter Flex (Veracyte®)

 

 

Plataforma OSNA®

És una plataforma automatitzada que permet l'anàlisi molecular utilitzant la totalitat del gangli sentinella de manera intra o postoperatòria. La tecnologia es basa en una amplificació isotèrmica ràpida d'àcids nucleics (RT-LAMP, de l'anglès Loop Mediated Isothermal Amplification) per a la quantificació de l'ARNm de la citoqueratina 19 (CK19). La CK19 és un biomarcador de cèl·lules epitelials que normalment és absent en el teixit limfàtic. La presència d'ARNm de CK19 es correlaciona amb la presència de metàstasis ganglionars. OSNA® compta amb la certificació CE i compleix els requisits de la Directiva 98/79/CE per a diagnòstics in vitro i, per tant, està autoritzat per al seu ús diagnòstic.

Equipament:

• RD-210 Robotic Analyser System (Sysmex)
• Homogenitzador RP-10 (Sysmex)

 

 

Plataforma PCR Digital (Bio-Rad)

Sistema de PCR digital que permet l'anàlisi quantitativa d'àcids nucleics amb una gran sensibilitat. El sistema està especialment indicat per a l'anàlisi de biomarcadors pobrament representats o per a la detecció de marcadors en mostres amb un background genètic complex. El sistema permet monitoritzar la presència de canvis subtils als biomarcadors analitzats que no serien detectats per RT-PCR.

Equipament:

• Droplet Digital PCR System (Bio-Rad)

 

 

Plataformes de seqüenciació de nova generació (NGS)

Es disposen de diferents tecnologies d'ultraseqüenciació per a l'anàlisi d'alteracions genètiques a gens rellevants per al diagnòstic o tractament de tumors sòlids i hematològics.

Amb aquestes tecnologies s'estan realitzant els panells següents:

Panel Oncomine Focus Assay per a tumors sòlids. Aquest panell permet analitzar la presència de marcadors genètics (SNVs, indels i fusions) en 55 gens implicats en càncer o relacionats amb la resposta a determinats tractaments en tumors sòlids

Panel Oncomine Mieloide. Aquest panell analitza la presència de mutacions en 40 gens i gens de fusió rellevants en neoplàsies mieloides.

Aquest panell analitza 54 gens recurrentment alterats en neoplàsies limfoides de cèl·lules B.

Panel Leucèmia Limfàtica Crònica. Aquest panell detecta alteracions en 20 gens i regions cromosòmiques, entre els quals s'inclou TP53 i els gens relacionats amb la resistència als nous fàrmacs dirigits ibrutinib i venetoclax. p>

Panell de càncer hereditari en teixit. Estudi de més de 100 gens associats a càncer hereditari en mostres obtingudes de teixit fixat en formol i parafinat.

Estudi BRCAness en càncer d'Ovari. El càncer d'ovari és la principal causa de mort entre els càncers ginecològics. Presenta una gran heterogeneïtat en la biologia del tumor i la resposta al tractament. Les mutacions a la línia germinal dels gens de reparació de l'ADN BRCA1/2 són els defectes fonamentals del càncer d'ovari hereditari que expressa un fenotip diferent d'altes taxes de resposta als agents de platí, millors intervals lliures de malaltia i taxes de supervivència , i una histologia serosa d'alt grau. El terme "BRCAness" descriu els trets fenotípics que alguns tumors d'ovari esporàdics comparteixen amb els tumors dels portadors de mutacions a la línia germinal BRCA1/2 i reflecteix anormalitats moleculars causals similars

Equipament:

• Bioanalyzer 2100 (Agilent Tecnologies)
• Ion Gene Studio S5 Plus (ThermoScientific)
• IonChef (ThermoScientific)
• Ion PGM System (Illumina)
• MiSeq (Illumina)
• Nextseq 550 (Illumina)
• Ió Torrent Genexus System (ThermoScientific)

 

 

Seqüenciació Sanger

Flux totalment automatitzat de registre i normalització de mostres d'ADN, amplificació de les regions d'interès i seqüenciació Sanger amb primers universals M13 mitjançant una plataforma robòtica Tecan que integra tres robots de maneig de líquids i diferents analitzadors genètics d'electroforesi capil·lar d'Applied Biosystems. 

Equipament:

• Tres robots de maneig de líquids (Tecan)
• Sistema Cytomat
• Espectrofotòmetre automatitzat ( Magellan ™)
• Termocicladors Veriti (Applied Biosystems)
• Termocicladors 2720 Thermal Cycler (Applied Biosystems)
• Termocicladors GeneAmp PCR System 9700 (Applied Biosystems)
• Termocicladors SimpliAmp (Applied Biosystems)
• QiAxcel Advanced (Qiagen)
• Analitzador genètic de 96 capil·lars 3730xl (Applied Biosystems)
• Analitzador genètic de 24 capil·lars 3500xl (Applied Biosystems)
• Analitzador genètic de 16 capil·lars 3130xl (Applied Biosystems)
• Analitzador genètic de 4 capil·lars 3130 (Applied Biosystems)

 

 

 

HTG

El perfil d'expressió gènica mesura quins gens s'expressen en una cèl·lula en un moment donat. Aquest mètode pot mesurar milers de gens alhora; alguns experiments poden mesurar tot el transcriptoma en un únic experiment. El perfil dʻexpressió gènica mesura els nivells dʻARNm, mostrant el patró de gens expressats per una cèl·lula a nivell de transcripció. Això sovint significa mesurar quantitats relatives d'ARNm en dues o més condicions experimentals i després avaluar quines condicions van donar com a resultat l'expressió de gens específics. Un perfil d'expressió genètica ens diu com funciona una cèl·lula en un moment específic. Això és perquè l'expressió de gens cel·lulars està influenciada per estímuls externs i interns, inclòs si la cèl·lula s'està dividint, quins factors són presents a l'entorn cel·lular, els senyals que rep d'altres cèl·lules i fins i tot l'hora del dia.< br /> Realitzem el perfil d'expressió gènica  utilitzant el panell d'immunooncologia de precisió HTG EdgeSeq de 1392 gens relacionats amb la immunitat. Aquests assaigs generen resultats a partir de mostres clínicament rellevants, com les fixades en formol i incloses parafina, líquids biològics i sang. 

Equipament:

HTG Edge-SQ-100 (Processor and Host PC)