Diagnóstico molecular del cáncer

El área dispone de tecnología de alto rendimiento con maquinaria de última generación para ofrecer un diagnóstico de alta precisión incluyendo las últimas novedades y alternativas descubiertas en diferentes patologías.

Sistema Cobas 4800

Sistema automatizado de preparación de muestras para el análisis mediante PCR a tiempo real (RT-PCR ) que permite realizar diferentes ensayos para la detección y caracterización de virus y oncogenes.

Test VPH (genotipado del virus del papiloma humano en muestras citológicas)

Test EGFR

Test BRAF

Equipamiento:

• Cobas x 480 Instrument
• Light Cycler 480 II

 

 

Plataforma FISH

Sondas de ADN-FISH, específicas de locus y de pintado cromosómico. La tecnología FISH utiliza sondas, una secuencia de ADN complementaria al ADN diana, marcadas con un fluorocromo para detectar anomalías génicas o cromosómicas. Sondas de pintado cromosómico, sondas dual-color y tri-color.

Flujo manual y automático.

Los diferentes diseños de sondas FISH nos permiten detectar:

• Número de copias, tanto copias del cromosoma (sondas centroméricas) como la presencia de deleciones y amplificaciones de una región específica.
• Translocaciones

Equipamiento:

• Sistema de digitalización CoolCube1 (Metasystems)
• Plataforma de escaneo Metafer (MetaCyte)
• Plataforma de imagen Isis (MetaSystem)
• ThermoBrite (Abbott Molecular)
• XMatrx® ELITE (BioGenex)

 

 

Plataforma IdyllaTM

Test de diagnóstico para la detección cualitativa de las mutaciones mediante RT-PCR. Flujo de trabajo completamente automatizado, desde la extracción del ADN hasta el análisis de datos y generación de informes, que se obtiene el mismo día.

Test BRAF Test KRAS Test MSI Test NRAS-BRAF

Equipamiento:

• 4 equipos IdyllaTM Instrument
• 1 IdyllaTM Console

 

 

Plataforma Inmunohistoquímica

Se dispone de equipos que automatizan todos los pasos del proceso de tinción de inmunohistoquímica (IHQ) e hibridación in situ (HIS).

Pruebas validadas por la FDA para asegurar la confianza en el diagnóstico.

Test EBER HIS Test HER2 IHQ/HIS Test MSI IHQ: MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 Test PD-L1 IHQ Test P16 IHQ Test P53 IHQ Test PFAG IHQ Test TERT IHQ

Equipamiento:

• Autostainer Link 48 (Agilent)
• VENTANA Benchmark GX (Roche Diagnostics)
• 5 VENTANA Benchmark ULTRA (Roche Diagnostics)
• VENTANA Benchmark XT (Roche Diagnostics)
• BondMax (Leica)
• MD Stainer (Vitro diagnostics)

 

 

Plataforma INNOLiPA®

Ensayo de sonda de línea, basado en el principio de hibridación inversa, diseñado para la identificación de 32 genotipos diferentes del virus del papiloma humano (VPH).

Equipamiento:

• Auto-LIPATM 48 (Fujirebio)

 

 

Plataforma Veracyte™

Sistema de cuantificación digital de ácidos nucleicos completamente automatizado. El sistema utiliza "códigos de barras" moleculares e imágenes de una sola molécula para detectar y contar cientos de transcritos únicos en una sola reacción. El sistema de análisis nCounter es un sistema integrado compuesto por una estación de preparación totalmente automatizada, un analizador digital, el CodeSet (códigos de barras moleculares) y todos los reactivos y consumibles necesarios para realizar el análisis.

Test PROSIGNA, se trata de una prueba de diagnóstico in vitro basada en el estudio de la firma genética PAM50. Esta prueba genómica analiza la actividad de los 50 genes que constituyen la firma PAM50 en células de cáncer de mama mediante una cuantificación digital del ARN. La caracterización del perfil de expresión génica de las células tumorales en combinación con variables clínicas proporciona información sobre el riesgo de recurrencia de la enfermedad y sobre el subtipo biológico intrínseco de cada tumor.

Detección de reordenamientos y mutaciones en pacientes con cáncer de pulmón mediante un panel personalizado que permite detectar genes de fusión como ALK, ROS1, RET y NTRK1, así como mutaciones de MET en el exón 14. 

Equipamiento:

• nCounter Flex (Veracyte®)

 

 

Plataforma OSNA®

Es una plataforma automatizada que permite el análisis molecular utilizando la totalidad del ganglio centinela de manera intra o postoperatoria. La tecnología se basa en una amplificación isotérmica rápida de ácidos nucleicos (RT-LAMP, del inglés Loop Mediated Isothermal Amplification) para la cuantificación del ARNm de la citoqueratina 19 (CK19). La CK19 es un biomarcador de células epiteliales que normalmente está ausente en el tejido linfático. La presencia de ARNm de CK19 se correlaciona con la presencia de metástasis ganglionares. OSNA® cuenta con la certificación CE y cumple con los requisitos de la Directiva 98/79/CE para diagnósticos in vitro y, por tanto, está autorizado para su uso diagnóstico.

Equipamiento:

• RD-210 Robotic Analyser System (Sysmex)
• Homogenizador RP-10 (Sysmex)

 

 

Plataforma PCR Digital (Bio-Rad)

Sistema de PCR digital que permite el análisis cuantitativo de ácidos nucleicos con una gran sensibilidad. El sistema está especialmente indicado para el análisis de biomarcadores pobremente representados, o para la detección de marcadores en muestras con un background genético complejo. El sistema permite monitorizar la presencia de cambios sutiles en los biomarcadores analizados que no serían detectados por RT-PCR.

Equipamiento:

• Droplet Digital PCR System (Bio-Rad)

 

 

Plataformas de secuenciación de nueva generación (NGS)

Se disponen de diferentes tecnologías de ultrasecuenciación para el análisis de alteraciones genéticas en genes relevantes para el diagnóstico o tratamiento de tumores sólidos y hematológicos.

Con estas tecnologías se están realizando los siguientes paneles:

Panel Oncomine Focus Assay para tumores sólidos. Este panel permite analizar la presencia de marcadores genéticos (SNVs, indels y fusiones) en 55 genes implicados en cáncer o relacionados con la respuesta a determinados tratamientos en tumores sólidos

Panel Oncomine Mieloide. Este panel analiza la presencia de mutaciones en 40 genes y genes de fusión relevantes en neoplasias mieloides.

Este panel analiza 54 genes recurrentemente alterados en neoplasias linfoides de células B.

Panel Leucemia Linfática Crónica. Este panel detecta alteraciones en 20 genes y regiones cromosómicas, entre los que se incluye TP53 y los genes relacionados con la resistencia a los nuevos fármacos dirigidos ibrutinib y venetoclax.

Panel de cáncer hereditario en tejido. Estudio de más de 100 genes asociados a cáncer hereditario en muestras obtenidas de tejido fijado en formol y parafinado.

Estudio BRCAness en cáncer de Ovario. El cáncer de ovario es la principal causa de muerte entre los cánceres ginecológicos. Presenta una gran heterogeneidad en la biología del tumor y en la respuesta al tratamiento. Las mutaciones en la línea germinal de los genes de reparación del ADN BRCA1/2 son los defectos fundamentales del cáncer de ovario hereditario que expresa un fenotipo distinto de altas tasas de respuesta a los agentes de platino, mejores intervalos libres de enfermedad y tasas de supervivencia, y una histología serosa de alto grado. El término "BRCAness" describe los rasgos fenotípicos que algunos tumores de ovario esporádicos comparten con los tumores de los portadores de mutaciones en la línea germinal BRCA1/2 y refleja anormalidades moleculares causales similares

Equipamiento:

• Bioanalyzer 2100 (Agilent Tecnologies)
• Ion Gene Studio S5 Plus (ThermoScientific)
• IonChef (ThermoScientific)
• Ion PGM System (Illumina)
• MiSeq (Illumina)
• Nextseq 550 (Illumina)
• Ion Torrent Genexus System (ThermoScientific)

 

 

Secuenciación Sanger

Flujo totalmente automatizado de registro y normalización de muestras de ADN, amplificación de las regiones de interés y secuenciación Sanger con primers universales M13 mediante una plataforma robótica Tecan que integra tres robots de manejo de líquidos y diferentes analizadores genéticos de electroforesis capilar de Applied Biosystems. 

Equipamiento:

• Tres robots de manejo de líquidos (Tecan)
• Sistema Cytomat
• Espectrofotómetro automatizado ( Magellan ™)
• Termocicladores Veriti (Applied Biosystems)
• Termocicladores 2720 Thermal Cycler (Applied Biosystems)
• Termocicladores GeneAmp PCR System 9700 (Applied Biosystems)
• Termocicladores SimpliAmp (Applied Biosystems)
• QiAxcel Advanced (Qiagen)
• Analizador genético de 96 capilares 3730xl (Applied Biosystems)
• Analizador genético de 24 capilares 3500xl (Applied Biosystems)
• Analizador genético de 16 capilares 3130xl (Applied Biosystems)
• Analizador genético de 4 capilares 3130 (Applied Biosystems)

 

 

 

HTG

El perfil de expresión génica mide qué genes se expresan en una célula en un momento dado. Este método puede medir miles de genes a la vez; algunos experimentos pueden medir todo el transcriptoma en un único experimento. El perfil de expresión génica mide los niveles de ARNm, mostrando el patrón de genes expresados ​​por una célula a nivel de transcripción. Esto a menudo significa medir cantidades relativas de ARNm en dos o más condiciones experimentales y luego evaluar qué condiciones dieron como resultado la expresión de genes específicos. Un perfil de expresión genética nos dice cómo está funcionando una célula en un momento específico. Esto se debe a que la expresión de genes celulares está influenciada por estímulos externos e internos, incluido si la célula se está dividiendo, qué factores están presentes en el entorno celular, las señales que recibe de otras células e incluso la hora del día.
Realizamos el perfil de expresión génica  utilizando el panel de inmuno-oncología de precisión HTG EdgeSeq de 1392 genes relacionados con la inmunidad. Estos ensayos generan resultados a partir de muestras clínicamente relevantes, como las fijadas en formol e incluidas parafina, líquidos biológicos y sangre. 

Equipamiento:

HTG Edge-SQ-100 (Processor and Host PC)