Laboratorio Core de Biología Molecular

Secuenciación masiva (NGS)

La secuenciación masiva (next-generation sequencing, NGS) es una tecnología basada en el análisis simultáneo de millones de secuencias, aumentando la capacidad de secuenciación respecto a la tecnología clásica de Sanger. Esta característica permite la implementación del estudio de grupos de genes (paneles) para el diagnóstico molecular de distintas enfermedades para varios pacientes a la vez. 

El CDB cuenta con distintos equipos para la realización de esta secuenciación, 5 equipos basados en la tecnología de “sequencing by synthesis” desarrollada por Illumina (https://emea.illumina.com/index-d.html), y 3 equipos basados en la secuenciación por detección de cambios de pH desarrollada por Ion Torrent (Thermofisher) (https://www.thermofisher.com/es/es/home/brands/ion-torrent.html).

El Core de Biologia Molecular realiza el proceso analítico de prestaciones de diferentes Servicios del CDB basadas en técnicas de secuenciación masiva (plataforma NGS).

Entre las más destacables:

• Tipaje HLA de alta resolución (más de 2000 muestras/año).
• Enfermedades autoinflamatorias e immunodeficièncias primarias (más de 800 muestras/año).
• Panel de genes implicados en el cáncer hereditario  (más de 500 muestras/año). 
• Paneles de genes de enfermedades hereditarias: Diabetes monogénica, Osteogénesis imperfecta , Osteomalacia hipofosfatémica, Hipercolesterolemia familar (més de 120 muestras/año).
• Panel Oncomine de Tumores Sólidos (más de 400 muestras/año).
• Panel Oncomine Mieloide (más de 250 muestras/año).
• Estudio del Microbioma por 16S (región analitzada V3-V4).
• Estudio de Exoma completo.

Equipamiento:

• 2 Plataformas robóticas Hamilton MicroLab Star (Hamilton)
• Bioanalyzer 2100 (Agilent Tecnologies)
• 4200 TapeSation (Agilent Tecnologies)
• Fragment Analyzer Systems  (Agilent Tecnlologies)
• Equipo MiSeq (Illumina)
• Equipo Nextseq 550 (Illumina)
• Equipo Nextseq 550 Dx (Illumina)
• Equipo Ion Gene Studio S5 Plus (ThermoFisher )
• Equipo Genexus (ThermoFisher)

nCounter Nanostring® 

La tecnología nCounter de Nanostring (https://www.nanostring.com/scientific-content/technology-overview/ncounter-technology) permite el análisis de la expresión de hasta 800 genes de forma simultánea. Su principal ventaja es la capacidad de capturar y contar moléculas individuales de mRNA sin usar reacciones enzimáticas, lo que reduce la introducción de sesgos y la hace compatible con tejido fijado en formol e incluido en parafina .

Es una tecnología de alta sensibilidad y con gran rango dinámico por lo que pueden analizar genes muy expresados junto con los de baja expresión. Actualmente se usa en la determinación de firmas de expresión relacionadas con la alteración de la expresión de la vía de interferón gamma en pacientes con disregulación inmunológica, para determinar el riesgo de recidiva y el subtipo biológico intrínseco del tumor en pacientes con cáncer de mama y para la detección de genes de fusión en pacientes con cáncer de pulmón.

Entre las las prestaciones destacables:

• Test Prosigna en pacientes con cáncer de mama.
• Análisis de la expresión génica en interferonopatías.  

Equipamiento:

• nCounter Flex (Nanostring®)

Plataforma automatizada de Secuenciación Sanger 

El CORE de Biología Molecular dispone de un flujo automatizado de registro y normalización de muestras de DNA, amplificación de regiones de interés y secuenciación Sanger utilizando primers universales M13, una plataforma robótica Tecan ® que integra tres robots alicuotadores y diferentes analizadores genéticos de electroforesis capilar de Applied Biosystems.

Actualmente el Core de Biología Molecular genera más de 50.000 secuencias al año asociadas a diferentes pruebas diagnósticas realizadas en los Servicios especializados del CDB así como solicitudes de clientes externos. 

Equipamiento:

• Tres robots alicuotadores Tecan y plataforma acoplada de espectrofotometría Magellan™
• Termocicladores Verity y termocicladors SimpliAmp (Applied Biosystems)
• QiAxcel Advanced (Qiagen)
• Analizador genético de 96 capilares 3730xl (Applied Biosystems)
• Analizador genético de 24 capilares 3500xl (Applied Biosystems)
• Analizador genético de 24 capilares 3500xl Dx (Applied Biosystems)