Laboratori Core de Biologia Molecular

Seqüenciació massiva (NGS)

La seqüenciació massiva (next-generation sequencing, NGS) és una tecnologia basada en l'anàlisi simultània de milions de seqüències, augmentant la capacitat de seqüenciació respecte a la tecnologia clàssica de Sanger. Aquesta característica permet la implementació de l'estudi de grups de gens (panells) per al diagnòstic molecular de diferents malalties per a diversos pacients alhora. 

El CDB compta amb diferents equips per a la realització d'aquesta seqüenciació, 5 equips basats en la tecnologia de “sequencing by synthesis” desenvolupada per Illumina (https://emea.illumina.com/index-d.html), i 3 equips basats en la seqüenciació per detecció de canvis de pH desenvolupada per Ion Torrent (Thermofisher) (https://www.thermofisher.com/es/es/home/brands/ion-torrent.html).

El Core de Biologia Molecular realitza el procés analític de prestacions de diferents Serveis del CDB basades en tècniques de seqüenciació massiva (plataforma NGS).

Entre les més destacables:

• Tipatge HLA d'alta resolució (més de 2000 mostres/any).
• Malalties autoinflamatòries i immunodeficiències primàries (més de 800 mostres/any).
• Panel de gens implicats en el càncer hereditari  (més de 500 mostres/any). 
• Panels de gens de malalties hereditàries: Diabetis monogènica, Osteogènesi imperfecta , Osteomalàcia hipofosfatèmica, Hipercolesterolèmia familiar (més de 120 mostres/any).
• Panel Oncomine de Tumors Sòlids (més de 400 mostres/any).
• Panel Oncomine Mieloide (més de 250 mostres/any).
• Estudi del Microbioma per 16S (regió analitzada V3-V4).
• Estudi d'Exoma complet.

Equipament:

• 2 Plataformes robòtiques Hamilton MicroLab Star (Hamilton)
• Bioanalyzer 2100 (Agilent Tecnologies)
• 4200 TapeSation (Agilent Tecnologies)
• Fragment Analyzer Systems  (Agilent Tecnlologies)
• Equip MiSeq (Illumina)
• Equip Nextseq 550 (Illumina)
• Equip Nextseq 550 Dx (Illumina)
• Equip Ion Gene Studio S5 Plus (ThermoFisher )
• Equip Genexus (ThermoFisher)

nCounter Nanostring® 

La tecnologia nCounter de Nanostring (https://www.nanostring.com/scientific-content/technology-overview/ncounter-technology) permet l'anàlisi de l'expressió de fins a 800 gens de manera simultània. El seu principal avantatge és la capacitat de capturar i comptar molècules individuals d'mRNA sense utilitzar reaccions enzimàtiques, cosa que redueix la introducció de biaixos i la fa compatible amb teixit fixat en formol i inclòs en parafina.

És una tecnologia d'alta sensibilitat i amb gran rang dinàmic, per la qual cosa poden analitzar gens molt expressats juntament amb els de baixa expressió. Actualment s'usa en la determinació de firmes d'expressió relacionades amb l'alteració de l'expressió de la via d'interferó gamma en pacients amb disregulació immunològica, per determinar el risc de recidiva i el subtipus biològic intrínsec del tumor en pacients amb càncer de mama i per la detecció de gens de fusió en pacients amb càncer de pulmó.

Entre les prestacions destacables:

• Test Prosigna en pacients amb càncer de mama.
• Anàlisi de l'expressió gènica en interferonopaties.  

Equipament:

• nCounter Flex (Nanostring®)

Plataforma automatitzada de Seqüenciació Sanger 

El CORE de Biologia Molecular disposa d'un flux automatitzat de registre i normalització de mostres de DNA, amplificació de regions d'interès i seqüenciació Sanger utilitzant primers universals M13, unaplataforma robòtica Tecan ® que integra tres robots aliquatadors i diferents analitzadors genètics d'electroforesi capil·lar d'Applied Biosystems.

Actualment el Core de Biologia Molecular genera més de 50.000 seqüències a l'any associades a diferents proves diagnòstiques realitzades als Serveis especialitzats del CDB així com sol·licituds de clients externs. 

Equipament:

• Tres robots alicuotadors Tecan i plataforma acoblada d'espectrofotometria Magellan™
• Termocicladors Verity i termocicladors SimpliAmp (Applied Biosystems)
• QiAxcel Advanced (Qiagen)
• Analitzador genètic de 96 capil·lars 3730xl (Applied Biosystems)
• Analitzador genètic de 24 capil·lars 3500xl (Applied Biosystems)
• Analitzador genètic de 24 capil·lars 3500xl Dx (Applied Biosystems)